Субсидия выдается на жилье, реально находящееся в собственности, законном пользовании граждан. Так как вашей сестре принадлежит лишь половина жилья, то соответственно и субсидию она получает на свою половину. Единственный выход из этого положения — разделить лицевой счет и составить акт о фактическом непроживании вас в квартире. Тогда ваша сестра будет реально платить лишь за половину жилья и вам не придется много платить за услуги, которыми вы не пользуетесь. Единственное, что придется точно вам оплачивать это половину полагающейся платы за отопление. Потому что вне зависимости от вашего проживания эта услуга предоставляется в полном объеме.
Можете также подарить или продать свою половину сестре и тогда, как собственнику всей квартиры, ей предоставят субсидии в большем размере.