Если причина отказа Пенсионного фонда именно пропуск срока, то такой отказ незаконен, потому что никаких ограничений по срокам обращения за получением сертификата на материнский капитал не существует.
Но если причина отказа все же заключается в другом, то необходимо выяснить, действительно ли присутствуют обстоятельства, препятствующие вам получению материнского капитала. Для этого обратитесь в Пенсионный фонд еще раз и попросите их в письменном виде пояснить причину отказа в выдаче сертификата. А уже потом можно будет обжаловать такой отказ в суд.