Совместно нажитым считается только приобретенное в период официального брака имущество. А у вашего сына брак не был зарегистрирован. Но это не означает, что он не имеет права разделить общее имущество, которое приобреталось, возводилось в период сожительства. Просто основания для раздела такого имущества совершенно иные.
Общее имущество двух людей, не состоящих в браке, делится на основании положений ГК РФ, а не СК РФ. Поэтому ваш сын должен снова подать иск в суд, но теперь указав, что он хочет разделить общее имущество с выделом причитающейся ему доли в натуре (или же с материальной компенсацией причитающейся ему доли). Если у вашего сына сохранились накладные, по которым он получал стройматериал на работе, то он обязательно должен приложить их копии к иску в качестве подтверждения своего большого вклада в строительство дома. Суд с учетом представленных доказательств должен определить какова будет доля каждого из сособственников в общем имуществе.